TEMPORADA 3- VILLANOS Y FUGITIVOS

Consta de 25 episodios, pero se divide en dos volúmenes: Villanos y Fugitivos, su primera emisión fue el 22 de septiembre de 2008. El primer volumen trata de Sylar tratando de recuperar sus poderes perdidos, que pierde al final de la temporada anterior, inicia con el intento de asesinato de Nathan Petrelli, y las consecuencias que tiene. Además, varios villanos escapan de los confines de nivel 5 que es la “cárcel” que tiene La Compañía para aquellos con poderes que dañan a la humanidad, entonces gran parte trata de ésta luchando por capturarlos otra vez. Más tarde los villanos atraen a Mohinder Suresh, Nathan Petrelli, Tracy Strauss, Elle Bishop , y Sylar. Su objetivo es crear una fórmula para dar a la gente las habilidades, pero después de muchos fracasos pronto se dan cuenta que tienen que encontrar el catalizador que está dentro de casa héroe. El segundo volumen trata de lo que sucede después de que Nathan no logra producir la fórmula. Después de la destrucción de Primatech y Pinehearst, el intento de los Héroes de llevar una vida normal hasta que Nathan inicia su plan de reunir a todas las personas con habilidades. Mientras tanto, Sylar comienza la búsqueda de sus verdaderos padres. A lo largo del camino, los héroes son guiados por Micah Sanders. En el final, Nathan es asesinado por Sylar en un intenso duelo. Peter, se disfraza como el Presidente y logra imponer a Sylar. Con el cuerpo inconsciente de Sylar y Nathan muertos, Matt altera la mente de Sylar para creer que es Nathan, con la capacidad adquirida de Sylar que le permita incorporar plenamente la personalidad de Nathan y el aumento de sus recuerdos y la forma.